您当前的位置:首页 > IT编程 > 医学CAD
| C语言 | Java | VB | VC | python | Android | TensorFlow | C++ | oracle | 学术与代码 | cnn卷积神经网络 | gnn | 图像修复 | Keras | 数据集 | Neo4j | 自然语言处理 | 深度学习 | 医学CAD | 医学影像 | 超参数 | pointnet |

Ubuntu+python将nii图像保存成png格式

51自学网 2020-11-01 11:36:23
  医学CAD

系统:Ubuntu 16.04

软件: python 3.5

先用pip安装nibabel、numpy、imageio、os。

1
2
3
4
5
6
7
8
9
10
11
12
13
14
15
16
17
18
19
20
21
22
import nibabel as nib
import numpy as np
import imageio
import os
  
def read_niifile(niifile):   #读取niifile文件
 img = nib.load(niifile)   #下载niifile文件(其实是提取文件)
 img_fdata = img.get_fdata()  #获取niifile数据
 return img_fdata
  
def save_fig(file):     #保存为图片
 fdata = read_niifile(file#调用上面的函数,获得数据
 (x,y,z) = fdata.shape   #获得数据shape信息:(长,宽,维度-切片数量)
 for k in range(z):
  silce = fdata[k,:,:]   #三个位置表示三个不同角度的切片
  imageio.imwrite(os.path.join(savepicdir,'{}.png'.format(k)),silce)
          #将切片信息保存为png格式
  
dir = './.nii'      #nii的路径
savepicdir = ''      #保存png的路径
os.mkdir(savepicdir)     #创建文件夹
save_fig(dir)      #运行程序,保存为图像

不要忘记返回img_fdata,否则下一个文件会报错。


python nii图像扩充
python实现批量nii文件转换为png图像
51自学网,即我要自学网,自学EXCEL、自学PS、自学CAD、自学C语言、自学css3实例,是一个通过网络自主学习工作技能的自学平台,网友喜欢的软件自学网站。
京ICP备13026421号-1